Krupajsko Vrelo se nalazi u istočnoj Srbiji, u zapadnom podnožju planine Beljanice, sa desne strane Krupajske reke, između sela Milanovac i Krupaja, oko 35 km od Žagubice. Pristupačno je asfaltnim putem koji povezuje Krepoljin i Despotovac.
Vrelo je do 1946. godine izbijalo iz pećinskog otvora u vidu rečnog toka,koji je počinjao sifonom,kada je oko 40.m nizvodno podignuta betonska brana . Na taj način vrelo je dobilo sadašnji izgled.